Universitas
Islam Negeri (UIN) Malang berdiri berdasarkan Surat Keputusan Presiden
No. 50 tanggal 21 Juni 2004. Bermula dari gagasan para tokoh Jawa Timur
untuk mendirikan lembaga pendidikan tinggi Islam di bawah Departemen
Agama, dibentuklah Panitia Pendirian IAIN Cabang Surabaya melalui Surat
Keputusan Menteri Agama No. 17 Tahun 1961 yang bertugas untuk mendirikan
Fakultas Syariah yang berkedudukan di Surabaya dan Fakultas Tarbiyah
yang berkedudukan di Malang. Keduanya merupakan fakultas cabang IAIN
Sunan Kalijaga Yogyakarta dan diresmikan secara bersamaan oleh Menteri
Agama pada 28 Oktober 1961. Pada 1 Oktober 1964 didirikan juga Fakultas
Ushuluddin yang berkedudukan di Kediri melalui Surat Keputusan Menteri
Agama No. 66/1964.
Dalam
perkembangannya, ketiga fakultas cabang tersebut digabung dan secara
struktural berada di bawah naungan Institut Agama Islam Negeri (IAIN)
Sunan Ampel yang didirikan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama No.
20 tahun 1965. Sejak saat itu, Fakultas Tarbiyah Malang merupakan
fakultas cabang IAIN Sunan Ampel. Melalui Keputusan Presiden No. 11
Tahun 1997, pada pertengahan 1997 Fakultas Tarbiyah Malang IAIN Sunan
Ampel beralih status menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN)
Malang bersamaan dengan perubahan status kelembagaan semua
fakultas cabang di lingkungan IAIN se-Indonesia yang berjumlah 33 buah.
Dengan demikian, sejak saat itu pula STAIN Malang merupakan lembaga pendidikan tinggi Islam otonom yang lepas dari IAIN Sunan Ampel.
Di dalam rencana strategis pengembangannya sebagaimana tertuang dalam Rencana Strategis Pengembangan STAIN Malang Sepuluh Tahun ke Depan (1998/1999-2008/2009),
pada paruh kedua waktu periode pengembangannya STAIN Malang
mencanangkan